Urodził się 1.08.1962 w Łosicach. Rodzicami jego byli Marian i Zofia z d. Sawczuk małżonkowie Czarnota, rolnicy mieszkający w Czuchlebach w parafii Górki. Na chrzcie świętym otrzymał imiona Krzysztof Piotr. Bierzmowany został w 1979 r. także w rodzinnym kościele parafialnym w Górkach.

Uczęszczał do Szkoły Podstawowej w Czuchlebach i Łosicach. Ukończył Liceum Ogólnokształcące w Łosicach, uzyskując świadectwo dojrzałości w 1981 r. z bardzo dobrymi ocenami.

Zaraz po maturze złożył prośbę o przyjęcie do Wyższego Seminarium Duchownego
w Siedlcach i został przyjęty. W opinii swego prefekta z liceum ks. Tadeusza Ignatowicza „uczęszczał na lekcje religii systematycznie i był uczniem sumiennym i zdyscyplinowanym”. Jego proboszcz ks. Zdzisław Borkowski, także pozytywnie mówił o nim jako kandydacie do seminarium, który „pochodzi z wierzącej i praktykującej rodziny i te wartości pielęgnuje
w swoim młodzieńczym życiu”.

Odbył sześcioletnie studia filozoficzno-teologiczne i otrzymał święcenia kapłańskie dnia 6.06.1987 r. w katedrze siedleckiej z rąk bpa Jana Mazura.

Jako wikariusz pracował w parafiach:

Węgrów (1987-1990), 
Siedlce par. Ducha Świętego (1990- 1993), 
Dęblin par. Chrystusa Miłosiernego (1993-1994), 
Terespol (1994-1997).

W 1997 roku został mianowany prefektem szkół w Adamowie i pełnił tę posługę wśród młodzieży w latach 1997-2001. 

Następnie był kapelanem szpitala w Parczewie (2001-2003) mieszkając przy parafii św. Jana Chrzciciela.

Na samodzielną placówkę duszpasterską został mianowany 28.08.2003 r. jako proboszcz parafii Neple. Tutaj  z parafianami podjął się remontu wnętrza kościoła parafialnego. Uroczyście zostały instalowane w kościele relikwie błogosławionych Męczenników z Pratulina, sąsiedniej parafii unickiej z czasów prześladowania. Przy wsparciu finansowym Wojewódzkiego Urzędu Ochrony Zabytków podjął również i przeprowadził kompleksową renowację kaplicy pw. św. Jerzego w Krzyczewie, byłej parafii unickiej. Potrafił także skutecznie zaangażować swoich parafian do prac remontowych.

Następną samodzielną placówką była parafia Sobieszyn. Proboszczem został 25.08.2009 r. Tutaj także podjął prace remontowe i restauracyjne w kościele parafialnym, które w krótkim czasie skutecznie przeprowadził.

Posiadał duże zdolności organizacyjne i potrafił nawiązywać życzliwe relacje z parafianami. To była dobra płaszczyzna do współpracy na terenie każdej parafii, w której posługiwał.

Był otwarty wobec kapłanów, koleżeński, zawsze pogodny i pełen optymizmu oraz zapału do pracy duszpasterskiej. Kapłani dekanatu ryckiego wybrali go w 2009 r. dekanalnym ojcem duchownym.

 

      Dnia 29 maja 2012 r.  ks. Krzysztof wracał do parafii Sobieszyn z odwiedzin swego ojca Mariana. Na trasie Łosice – Międzyrzec Podlaski doszło do tragicznego wypadku drogowego. Ks. Krzysztof Czarnota poniósł śmierć na miejscu.